Ministarstvo traži mišljenje o pripadnosti prihoda od pristojbi, dozvola za gospodarenje komunalnim otpadom i posebnim kategorijama otpada koju rješava upravno tijelo županije odnosno Grada Zagreba, te dozvola za gospodarenje opasnim otpadom, za spaljivanje i suspaljivanje otpada koje su u nadležnosti Ministarstva.
Članak 18. stavak 2. Zakona o upravnim pristojbama (Nar. nov., br. 8/96. do 60/08.; dalje Zakon) propisuje da pristojbe uplaćene izravno na propisani račun za spise i radnje ministarstava i državnih upravnih organizacija, diplomatskih, konzularnih i drugih predstavničkih tijela Republike Hrvatske u inozemstvu prihod su državnog proračuna.
Članak 18. stavak 3. Zakona propisuje da pristojbe uplaćene izravno na propisani račun za spise i radnje iz samoupravnog djelokruga županijskih ureda, prihod su županije pod čijim je tijelima plaćena pristojba.
Shodno navedenom, prema citiranim zakonskim odredbama pristojbe se uplaćuju izravno na račun tijela koje rješava spise ili radnje. Iz toga proizlazi da županijskom proračunu pripadaju prihodi od pristojbi za spise i radnje iz samoupravnog djelokruga županije, dok državnom proračunu pripadaju prihodi od pristojbi za spise i radnje ministarstava.