Ekonomski institut (u daljnjem tekstu: Institut) u svom dopisu navodi da je Institut javni institut koji od nadležnog ministarstva dobiva financijska sredstva za redovnu djelatnost koja je izvan sustava poreza na dodanu vrijednost, međutim Institut ostvaruje i vlastite prihode od projekta na tržištu koji predstavljaju djelatnost oporezivu porezom na dodanu vrijednost. Obzirom da Institut ne obavlja isporuke koje su oslobođene poreza na dodanu vrijednost prema članku 11. i 11.a Zakona o porezu na dodanu vrijednost (Nar. nov., od br. 47/95. do 22/12., u daljnjem tekstu: Zakon) postavljeno je pitanje treba li Institut sa opisanom strukturom primitaka odnosno isporuka primjenjivati podjelu pretporeza.
Pretporez je prema odredbama članka 20. stavka 1. Zakona iznos poreza na dodanu vrijednost iskazan na računima za isporuke dobara i usluga koje su poduzetniku obavili drugi poduzetnici u poduzetničke svrhe.
Prema odredbi članka 20. stavka 6. Zakona, ako poduzetnik koristi primljena dobra ili uvezena dobra i usluge koje su mu obavljene djelomično za isporuke dobara i obavljanje usluga koje isključuju odbitak pretporeza, tada se može odbiti samo onaj dio pretporeza koji se odnosi na isporuke dobara i usluga za koje je dopušten odbitak pretporeza. Iznos pretporeza koji se odnosi na isporuke dobara i usluga za koje je dopušten odbitak, a koji se ne može izravno pripisati tim isporukama na temelju knjigovodstvene i druge dokumentacije, određuje se na godišnjoj razini kao postotak koji se dobije stavljanjem u odnos ukupnih oporezivih isporuka bez poreza na dodanu vrijednost za koje je dopušten odbitak pretporeza u odnosu na ukupan iznos isporuka bez poreza na dodanu vrijednost. Iznimno, poduzetnik može dio pretporeza koji može odbiti utvrđivati odvojeno za svaki dio svog poslovanja, uz uvjet da vodi odvojeno knjigovodstvo i da o tome prethodno obavijesti Poreznu upravu.
Člankom 133. stavkom 9. Pravilnika o porezu na dodanu vrijednost (Nar. nov., br. 149/09., 89/11. i 29/12., u daljnjem tekstu: Pravilnik) propisano je ako se isporučeno dobro ili usluga koristi u poduzetničke i nepoduzetničke svrhe, a moguće je odrediti udjel korištenja u nepoduzetničke svrhe, pretporez se mora podijeliti prema svrsi uporabe na dio koji se može i na dio koji se ne može odbiti. Ovaj način razgraničenja provodi se osobito kod isporuka pokretnih dobara koja se u gospodarskom prometu količinski obrađuju po broju, mjeri ili težini te kod korištenja usluga.
Prema odredbama članka 146. stavka 1. i 2. Pravilnika, ako poduzetnik koristi dobra i usluge u okviru svoje poduzetničke djelatnosti za isporuke dobara i obavljanje usluga po kojima je dopušten odbitak pretporeza i za isporuke dobara i usluga po kojima je isključen odbitak pretporeza, tada iznose pretporeza treba podijeliti na dio koji se može odbiti i na dio koje se ne može odbiti. Podjela pretporeza utvrđuje se ako poduzetnik ne može iznos pretporeza koji se odnosi na isporuke dobara i usluga za koje je dopušten odbitak pretporeza izravno pripisati tim isporukama na temelju knjigovodstvene i druge dokumentacije.
Prema navedenom podjelu pretporeza treba raditi porezni obveznik koji obavlja oporezive isporuke i isporuke oslobođene plaćanja poreza na dodanu vrijednost, stoga ako porezni obveznik u okviru svoje djelatnosti ne obavlja isporuke koje su prema članku 11. i 11.a Zakona oslobođene poreza na dodanu vrijednost bez prava na odbitak pretporeza, tada ne mora raditi podjelu pretporeza u smislu članka 20. stavka 6. Zakona i članka 146. Pravilnika.
Međutim, kada Institut obavlja poduzetničku djelatnost za koju je upisan u registar obveznika poreza na dodanu vrijednost i isporuke u okviru svojeg zakonom utvrđenog djelokruga koje se smatraju nepoduzetničkom djelatnošću tada prava na odbitak pretporeza utvrđuje u skladu s odredbom članka 133. stavka 9. Pravilnika.