Hrvatskom helsinškom odboru za ljudska prava (u daljnjem tekstu: HHO), Zagreb, Ministarstvo gospodarstva, rada i poduzetništva, Uprava za međunarodne gospodarske odnose i trgovinsku politiku izdalo je potvrdu za oslobođenje od plaćanja poreza na dodanu vrijednost temeljem članka 3. Sporazuma o gospodarskoj, tehničkoj i srodnoj pomoći između Vlade Republike Hrvatske i Vlade Sjedinjenih Američkih Država (Narodne novine, Međunarodni ugovori broj 3/95. i 14/00.). Obzirom da je potvrda izdana 12. prosinca 2007. godine, za isporuke obavljene u listopadu 2007. godine, za koje su izdani računi 10. listopada 2007. i 26. listopada 2007. godine, HHO je zatražio da im se temeljem naknadno izdane potvrde izvrši povrat poreza na dodanu vrijednost, obzirom da pri korištenju doniranih sredstava nije imao potvrdu nadležnog tijela za oslobođenje od plaćanja poreza na dodanu vrijednost.
Sporazum o gospodarskoj, tehničkoj i srodnoj pomoći između Vlade Republike Hrvatske i Vlade Sjedinjenih Američkih Država ima karakter međunarodnog ugovora u smislu članka 140. Ustava Republike Hrvatske stoga on čini dio unutarnjeg pravnog poretka Republike Hrvatske i po pravnoj je snazi nadređen domaćem zakonodavstvu, a porezna oslobođenja propisana tim Sporazumom na odgovarajući način primjenjuju se na isporuke dobara i usluga.
Odredbom članka 73c. Pravilnika o porezu na dodanu vrijednost (Nar. nov., br. 60/96. do 79/07.), propisan je postupak ostvarivanja poreznih oslobođenja u slučaju kada je to ugovoreno odredbama međunarodnih ugovora koji obvezuju Republiku Hrvatsku.
Prema odredbi članka 73c. stavak 2. Pravilnika propisano je da nadležno tijelo koje je nositelj provedbe pojedinog međunarodnog ugovora izdaje propisanu potvrdu na temelju koje korisnik povlastice može ostvariti oslobođenje od plaćanja poreza na dodanu vrijednost pri nabavi dobara i usluga. Potvrdu nadležnog tijela kupac, koji temeljem međunarodnog ugovora ima pravo na porezno oslobođenje pri nabavi dobara i usluga, uručuje dobavljaču – poreznom obvezniku kojem ona služi kao dokaz da u trenutku isporuke nije trebao obračunati porez na dodanu vrijednost na obavljenu isporuku.
U vezi navedenog napominjemo da Pravilnikom o porezu na dodanu vrijednost nije predviđena mogućnost ostvarivanja oslobođenja od plaćanja poreza na dodanu vrijednost naknadno izdanom potvrdom, također nije propisana ni mogućnost da se oslobođenje ostvaruje naknadnim povratom poreza na dodanu vrijednost, o čemu se Središnji ured Porezne uprave očitovao odgovorima klasa: 410-01/07-01/1567 od 30. studenog 2007. i klasa: 410-01/06-01/946 od 15. studenog 2006. godine.
